Od týchto udalostí ubehlo necelých dvadsať rokov, človek však už nie je korunou tvorstva. Druhy, ktoré vznikli v zamorenom svete, sú oveľa lepšie prispôsobené žiareniu. Éra ľudstva sa chýli ku koncu. Ostalo len málo tých, čo sa nechcú zmieriť s realitou, zopár desiatok tisíc. Bývajú v moskovskom metre, najväčšom protiatómovom kryte, aký človek vybudoval. V poslednom útočisku ľudstva, kde sa všetko podriaďuje jedinému: vôli prežiť. Obyvatelia okrajovej stanice Sevastopoľskaja sa urputne bránia proti neustávajúcim útokom mutantov z povrchu. Odolávajú vďaka podpore centrálnych staníc metra a ostrieľaným, na všetko odhodlaným bojovníkom. Jedného dňa sa však preruší zásobovanie a telefónne spojenie prestane fungovať. Vyslaní prieskumníci sa nevracajú a mutanti z povrchu i temné sily z hlbín zeme stále útočia.

Vetchý starec zo Sevastopoľskej a neznámy zabijak v službách stanice sa podujmú obnoviť spojenie a zachrániť ďalšiu obrannú baštu pred záhubou. Akú úlohu tu zohrá dievča zo zabudnutej staničky a prefíkaný flautista, ktorý sa pripojí k výprave po temných tuneloch?